Les deux saisons suivantes, marquées par le départ de cadres historiques (Luis Fernandez en 1986 puis Dominique Rocheteau en 1987), sont plus délicates (7e puis 15e place en championnat) avec une élimination en Coupe des clubs champions dès le premier tour de la compétition contre le FC Vítkovice, modeste club tchécoslovaque. Joan Gamper entreprend de structurer le club. La série s’interrowmpt face au Levante UD sur une défaite cinq buts à quatre.
